對于工作復雜的微生物實驗室，其核心實驗區內部還需進一步細化，實現從“一般操作”到“高危操作”的分級管理。
| 子分區 | 具體活動 | 環境與安全控制要求 |
|---|---|---|
| 普通操作區 | 樣本接收、登記、涂片染色、顯微鏡觀察、自動化儀器分析（如血培養儀、鑒定藥敏儀）。 | 常壓或微負壓。良好的一般通風。儀器區域需穩定電源。 |
| 無菌/無菌操作區 | 無菌樣品（如體液、組織）的接種、培養基傾注、菌種轉接。 | 局部百級凈化。在Ⅱ級生物安全柜或超凈工作臺內進行。房間整體可為萬級背景。 |
| 病原體操作區（高危區） | 操作已知或疑似的高致病性或高傳染性病原體（如結核分枝桿菌、布魯氏菌）。 | 必須在Ⅱ級B2型（全排）或Ⅲ級生物安全柜內進行。該區域應設計為負壓，并考慮獨立的排風系統。 |
| 真菌/過敏原操作區 | 處理大量真菌孢子或可能產生氣溶膠的操作。 | 強烈建議獨立分隔，保持負壓，采用垂直層流生物安全柜，排風需經高效過濾。 |
