一個功能完善的微生物實驗室通常包括以下邏輯分區，它們在物理或氣流上應有分隔：
| 分區 | 核心功能 | 生物安全與潔凈度要求 | 關鍵設施與設備 |
|---|---|---|---|
| 1. 清潔區 | 辦公室、會議室、休息室、培養基/試劑倉庫。 | 普通環境，無特殊凈化要求。 | 辦公設施、倉儲柜。 |
| 2. 緩沖區（準清潔區） | 更衣室、淋浴間（BSL-2常設）、實驗準備區（培養基配制、器皿清洗消毒后存放）。 | 正壓。環境清潔，接近十萬級（ISO 8），防止外部污染物進入核心區。 | 更衣柜、化學品安全柜、洗眼器、培養基制備用超凈工作臺。 |
| 3. 核心實驗/污染區 | 樣品處理、接種、培養、鑒定、藥敏試驗等所有涉及活菌操作的區域。 | 負壓或常壓（具體看設計）。需根據操作劃分不同級別的子區。 | 生物安全柜（核心設備）、培養箱、冰箱、顯微鏡、自動化鑒定儀。 |
| 4. 高壓滅菌與污物處理區 | 實驗廢棄物（含菌平板、試管、利器）的就地滅活、暫存。 | 常壓或微負壓，獨立通風。必須與清潔區嚴格分開。 | 雙扉高壓滅菌器（一面對著污染區，一面對著清潔區外）、污物暫存容器。 |
